Ngày 9 tháng 9 năm 2016, Trường Đại học Việt Nhật tổ chức lễ khai trường và khai giảng các chương trình đào tạo đầu tiên [2]chính thức vận hành các hoạt động đào tạo và nghiên cứu với 6 chương trình thạc sĩ gồm: Công nghệ Nano, Kỹ thuật môi trường, Kỹ thuật hạ tầng, Chính sách công, Khu vực học và Quản trị kinh doanh.[3] Năm 2018, trường tiếp tục khai giảng chương trình thạc sĩ thứ 7: Biến đổi khí hậu và Phát triển. Từ năm 2019, chương trình thứ 8 mang tên Lãnh đạo toàn cầu (Global leadership) tuyển sinh khóa đầu tiên.

Ngoài đội ngũ Giảng viên cơ hữu của Trường Đại học Việt Nhật và của Đại học Quốc gia Hà Nội, 50% giảng viên của Trường đến từ các trường Đại học đối tác “danh giá” hàng đầu Nhật Bản như Đại học Tokyo, Đại học Osaka, Đại học Tsukuba, Đại học Quốc lập Yokohama,...

Trường đặt mục tiêu đến năm 2024 sẽ có tổng quy mô khoảng 2000 người học.[1]